Như một phần của những căng thẳng lớn hơn giữa các chế độ quân chủ, các chính phủ ủng hộ phương Tây và những người theo chủ nghĩa Nasser, các chính phủ xã hội chủ nghĩa, các chính phủ Syria trong thập niên 1960 đã lựa chọn lập trường đối lập với chế độ quân chủ Jordan; năm 1960, vụ ám sát thủ tướng Jordan Hazza al-Majali bị gán cho Syria (khi ấy là Cộng hòa Ả Rập Thống nhất). Căng thẳng càng gia tăng sau khi vua Hussein của Jordan chấm dứt sự giúp đỡ chính thức cho phong trào PLO năm 1966; tháng 9 năm 1970, một đơn vị quân đội Syria đã vượt biên giới vào trong lãnh thổ Jordan để giúp đỡ PLO chống lại quân đội Jordan (xem Tháng 9 Đen tại Jordan). Lực lượng Syria bị đẩy lùi, nhưng mối quan hệ giữa hai bên tiếp tục căng thẳng và trở nên thù địch vào tháng 7 năm 1971. Năm 1975, Jordan và Syria đã nỗ lực bỏ qua một bên những căng thẳng trong quá khứ và tạo lập một liên minh mới. Năm 1979, vua Hussein đã đề xuất một ý tưởng thay thế cho Hiệp ước Trại David và bị Hafez al-Assad phía Syria phản đối mạnh mẽ; việc này đánh dấu sự khởi đầu của một giai đoạn xấu đi nhanh chóng trong quan hệ Jordan-Syria. Năm 1979 Syria buộc tội Vương quốc Jordan ủng hộ những cuộc tấn công của phong trào Anh em Hồi giáo chống lại chính phủ của Assad. Từ sau đó những căng thẳng giữa hai bên dần giảm sút và hiện mối quan hệ giữa hai nước đã bình thường.